삼성전자와 마이크로소프트(MS) 사이에 체결된 특허권 사용료(로열티)에 대해 세무당국이 삼성에 추가 징수한 법인세 113억원을 돌려줘야 한다는 대법원 판단이 나왔다.

대법원 3부(주심 노정희 대법관)는 20일 삼성전자가 동수원세무서장을 상대로 낸 법인세 원천징수처분 등 취소 청구소송 상고심에서 원고 승고로 판결한 원심을 확정했다고 밝혔다.

삼성전자는 2011년 7월 안드로이드 기반 스마트폰 사업에 필요한 MS의 특허권을 사용하고 그 대가를 지급하기로 계약했다.

삼성전자는 2012년부터 2015년까지 MS에 특허권 사용료를 지급하면서 이 사용료가 국내 원천소득에 해당한다고 보고 한미조세협약에 따른 제한세율 15%를 적용해 세무당국에 납부했다. MS에 지급할 특허권 사용료 중 국내 세무당국에 낼 세금을 미리 떼고 로열티를 지급한 것이다.

그러나 세무당국은 2016년 법인세 통합조사 과정에서 삼성전자가 2013년 MS로부터 받아야 할 690억원가량을 특허권 사용료와 같은 계정에서 상계하고 나머지 금액에 대한 법인세만 납부했다고 봤다. 세무당국은 법인세 축소 납부분인 113억여원을 추가 징수했다.

삼성전자는 이에 불복해 세무당국의 처분을 취소해 달라는 소송을 냈다. 1·2심은 세무당국의 원천징수 처분이 합당하지 않다며 법인세 원천징수분 113억여원을 취소했다.

재판부는 “한미조세협약은 미국 법인이 국내에 특허권을 등록해 국내에서 특허실시권을 가지는 경우 그 사용 대가로 지급받는 소득만을 국내 원천소득으로 정했을 뿐”이라면서 “국내에 등록하지 않은 경우에는 국내 원천소득으로 볼 수 없다”고 설명했다.

대법원은 원심의 판단에 국내세법과 조세조약의 관계, 특허권의 속지주의 원칙 및 국내법에 의한 조약 배제에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다고 보고 원심을 확정했다.

대법원은 이 사건과 별개로 MS 측이 세무당국을 상대로 초과 납부한 법인세 6300억원을 돌려달라며 낸 소송에서도 미등록 특허에 관한 사용료는 과세 처분을 할 수 없다고 판단했다.